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A nivel europeo el cernícalo primilla está incluido en el Anexo I de la Directiva Aves, en la lista del Comité Ornis de aves consideradas prioritarias para su financiación por fondos LIFE y cuenta con un plan de acción que incluye directrices de actuación priorizadas (Action Plan for the lesser kestrel Falco naumanni in the European Union, 2010). También está catalogado como “Preocupación menor” en la Lista Roja Europea de Aves (BirdLife International- IUCN, 2015).

En España se encuentra en el Listado de Especies Silvestres en “Régimen de protección especial” (Real Decreto 139/2011, de 4 de febrero) y está incluido en la categoría “Vulnerable” en el Libro Rojo de las Aves de España (2003).

En Extremadura la especie está catalogada como “Sensible a la alteración de su hábitat” en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de Extremadura (Decreto 37/2001, de 6 de marzo). Además en el Decreto 110/2015, de 19 de mayo, por el que se regula la red ecológica europea Natura 2000, se incluyen medidas específicas para la conservación de las aves esteparias y las aves urbanas (incluyendo en ambos casos al cernícalo primilla). Así mismo el Plan de Gestión de las ZEPA urbanas designadas por cernícalo primilla en Extremadura recoge la zonificación de todas ellas, medidas para la especie y el “Inventario de edificios de interés para la conservación del cernícalo primilla”.